虽然现在大家都开始重视微菌对的作用，但是在使用过程中，由于不合理使用往往会导致效果不理想，还有许多人问 “菌施入土壤后，菌会不会死，能存活多久？”其实每克土壤中微生物含量在几亿到几百亿不等，有的细菌能在极端条件下存活上万年，而我们使用的微生物菌是从自然界中提取的具有特定功能的微生物，然后通过人工繁殖之后，经过一系列的加工制成的，根据微生物的种类或功能特性可以分为好多种。根据科学统计，各类微生物菌中以芽孢杆菌的存活性、耐受性、适应性最强，但并不是所有芽孢杆菌就有作用，菌的活性主要有以下几个方面进行衡量。优势的纯种繁殖菌株肯定比劣质菌株的综合性能强大，菌株的强弱好坏直接影响芽孢杆菌中芽孢的活性，并直接影响到最终的使用效果。好菌株的筛选与孕育又和各生产企业的科研实力密不可分，所以一般每个生产企业所运用的菌株大都也各不一样。而科研实力强的品牌企业在菌株筛选培育上自然比作坊式厂家更有优势。芽孢杆菌主要就是靠芽孢，菌的数量不代表芽孢的含量，没有芽孢的菌死亡更快，存活时间更短，功效更差。同技术下的不同工艺处理影响芽孢率，工艺控制不好，芽孢率一样没有保障。噬菌体通俗一点就是吃芽孢的东西，他们附着在芽孢体内，一旦芽孢被其吃掉，菌种就会很快失活。所以检测时要对比检测菌数和芽孢数进行对比，正常情况下菌数>芽孢数，如果差异值非常大，说明菌种的噬菌体很多，所以差异值越大，菌的质量就越差。一般成熟的微生物菌剂（肥）都会选用优秀的土壤宜居菌，这样施入土壤后可以迅速进行繁殖代谢，也就避免了菌功效的丧失。一般含菌的微生物肥料分为农用微生物菌剂、复合微生物肥料（菌肥）、生物，根据标准规定要求，农用微生物菌剂执行标准更严格，其次是复合微生物肥料（菌肥），然后才是生物有机肥。菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg包装的，一般亩用量较大，按照目前全国各地亩含量在1.0%左右的情况，一般果树要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2000-3000元之间，已逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料（菌肥）和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂蕴含的菌种纯度比较高，数量比较多，在单位面积上的用量少，一般每亩用量2-10kg。为了让菌剂中的微生物菌体 有充足的时间定植、生长和繁殖，集聚到一定的群体数量。建议使用菌剂提前到种植前、移栽时、土壤消毒后或需要的关键时期前10天左右。必须让微生物菌体尽可能与植物根部进行近距离接触。微生物菌剂使用方式灵活多样，可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根，或者与基质混合均匀后播种，也可以沟施或者穴施，不过要避免在高温强光下进行喷施。均匀施用才能让微生物菌进行发挥群体效应，让每一株菌落都能在土壤中进行有效繁殖代谢，更好的发挥微生物菌的作用。菌肥和有机肥混合使用，温度15-30℃、土壤酸碱PH值5.5-7.0、土壤含水量60%-80%最有利于微生物菌繁殖，配合良好的水肥管理，效果更佳。由于微生物菌落繁殖需要一定的土壤环境，积涝积水湿度过大的农田土壤、严重干旱缺水的农田土壤、有机质含量非常低的贫瘠农田土壤，这些情况下都不适合使用菌肥，在气候温暖湿润、土壤润而不湿（不涝不旱）、土壤有机质含量较高（或施菌肥时同时补充有机肥）的环境条件下使用菌肥的效果最好。如果施用微生物菌剂产品后，又大量使用了农药、化肥等可杀死微生物的化学物或者形成不利于微生物存活的环境。因此，微生物菌剂需合理间隔施用，可让土壤保持良好性状，为作物稳产高产打好基础。
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